Introduction
1.1 Evolution et phylog enie
Charles Darwin a publi e son grand ouvrage, l'Origine des esp eces en1859. Dans ce travail, il a pr esent e la premi ere description plausible de
l' evolution des esp eces (d ecouverte par Jean-Baptiste Lamarck et publi ee
dans Philosophie Zoologique [lamark, 1809]). Sa th eorie se repose sur
deux concepts principaux : La s election naturelle, m ecanisme de l' evolution,
et l'unicit e de l'origine de toutes les esp eces. Cet ancêtre commun appel e
d esormais LUCA, Last Universal Common Ancestor, permet d' etablir l'arbre
repr esentant la parent e des esp eces (FIG1.1). De r ecents travaux fournissent
même une preuve statistique de cette monophylie [Theobald, 2010].
Grâce au s equen cage du g enome le tra cage d'arbres robustes est devenu
possible. En e et, l'analyse phylog en etique d'un ensemble de s equences 1
et l'identi cation des ev enements g en etiques expliquent comment ces s equences
auraient pu d eriver durant l' evolution [Mount, 2004].
Les ev enements g en etiques, se traduisant par une modi cation de l'ADN,
peuvent entrainer la perte d'une prot eine, le codage d'une nouvelle mais aussi
la modi cation partielle de sa structure en domaines. Ces derniers sont les
unit es fonctionnelles et structurelles des prot eines. Ils sont egalement connus
comme : l'unit e de base de l' evolution des prot eines [Pasek, 2006]. Les ev enements de perte, de gain et de r earrangement de domaines (FIG1.2) en sont
les principaux m ecanismes.
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